急~~~~~有關勞基法問題我該怎麼做

我們是開飲料店的,這陣子我們店裡有請一個工讀生,飲料店一般來說時薪有95的很少,尤其是起薪,我們起薪是一小時70元,三個月會依表現調薪,現在有一個問題是我們一個工讀生妹妹來上班打卡三天,第四天就沒來上班,打電話給他也是關機,

後來他父親來店裡要求我們支付這三天的薪資(總工作時數13小時),我們給他的理由是因為她沒請假人也忽然消失都沒來上班,依照公司規定要算曠職,因為我們班表都是固定排好的,因為她忽然沒來上班造成我們營運上的損失,而且依照規定就算不上班也應該歸還公司制服,但她也沒歸還,今天卻忽然收到勞工局調解會的開會通知,打電話去問才知道說她去告我們違反勞基法,她給勞工局的控訴是說她是因為手腕受傷沒辦法上班,但是她也沒拿醫生診斷證明書來請假,勞工局卻回答說醫生診斷書是要請假三天才需要提出證明,就算是這樣當他父親來替她要求領薪時也已經是沒來上班的三天過後了,也沒看她拿診斷證明書來,只一直跟我們爐說他要領這13小時的時薪,勞工局也叫我們要付薪,我想問問如果依照這樣的情況那我們雇主可以跟他們要求我們的損失嗎?因為我覺得這樣雇主一點保障都沒有,而且我們又不是甚麼公司行號,只是一間小小的飲料店,怎麼處理對我們才有力,而我們可以利用其他管道來跟他們要求賠償我們損失嗎?因為我覺得這樣太不講理了,或是有人可以給我一些建議嗎?